En juin 2005 l'Université Rovira i Virgili de Tarragona (Catalogne-Espagne) accueillait le II Forum Universitaire Méditerranéen, sous les auspices de la Commission européenne à travers son Programme Jean Monnet. Grâce á la collaboration des partenaires de ce programme (Université Catholique de Louvain, Institut Catholique de Paris, Association Immaginare l'Europa, University de Malta), le Forum a réuni presque 60 universités Euro-mediterranéennes qui ont clôturé leurs travaux avec la Déclaration de Tarragone qui recommandait aux gouvernements, universités et membres du Partenariat Euro-mediterranéennes de créer un réseau dans le but d'exporter à l'espace EuroMed l'expérience du Processus de Bologne.
Un an après -juin 2006- l'Université de Malte accueillait le III Forum Universitaire Méditerranéen. Ce Forum a contribué à construire le chemin vers la création du réseau, convoquant les universités au IV Forum à l'Université d'Alexandrie, sous le patronage de l'ALF - Anna Lindh Foundation-, qui avait déjà participée au Forum de Tarragone.
En octobre 2006, la Tampere Polytechnic, University of Applied Sciences, MEDA-Institute of Finlandia et l'Université Rovira i Virgili ont convoqué la première Conférence de recteurs EuroMed, sous le patronage de la Présidence Finlandaise de l'UE et de la Commission Européenne. La Conférence a clôturé ses séances avec la signature de l'acte constitutif de création de l'EuroMed Permanent University Forum, l'élection de son premier Conseil d'administration et de son Secrétariat exécutif.
En novembre 2006 ont débuté les demarches en vue de l'inscription de l'EPUF dans le registre d'associations de Bruxelles, faisant appel á la loi belge pour les Assotiations Internationales sans but lucratif (AISBL). La gestion a été menée à terme par le cabinet d'avocats Bours & Associes.
En décembre 2006 les groupes de travail se sont réunis pour la première fois à l'Università degli Studi di Napoli l'Orientale de Naples.
En mars 2007 a eu lieu la première réunion du Comité Exécutif de l'EPUF à l'Universitat Rovira i Virgili.